Pierre nació en 1967 en París, hijo de padre iraní y madre francesa que se separaron cuando cumplió dos años. Cuando cumplió los seis años, se mudó a Estados Unidos con su padre, que ingresó como médico residente en el John Hopkins University Medical Center, en Maryland. Desde joven se interesó por la informática y con tan solo 14 años escribió su primer programa para la biblioteca de la escuela.

En 1988 obtuvo su título en Ciencias de la Computación en la Tufts University e ingresó como programador en Claris, una subsidiaria de Apple Computers.

Tres años más tarde confundó Ink Development Corp., empresa que luego cambio su nombre por el de eShop y fue adquirido por Microsoft. Tras su salida de la empresa ingresó en General Magic, Inc., también como programador.

Gracias a la peticion de su novia Pamela Wesley (su futura esposa) de como podría interactuar con otros coleccionistas para intercambiar sus dispensers, surgió la idea de la creación de Ebay lo que cambiaría su vida para siempre. Omidyar tuvo claro el concepto: intermediar para la compraventa e intercambio de bienes en Internet. El primer nombre de la empresa fue AuctionWeb y vio la luz en septiembre de 1995 pero rápidamente cambió su nombre por eBay (electronic bay, Bahía electrónica) en honor al lugar donde se encuentra la sede de la empresa, la bahía de San Francisco. En 1999 eBay comenzó a cotizar en el Nasdaq, un año después de que ingresara Meg Whitman -ex ejecutiva de Pepsico y Disney- como Directora Ejecutiva. Unos años después comenzaban las adquisiciones y alianzas, como por ejemplo en 2002 la compra de PayPal y en 2005, la unión a MercadoLibre en Suramérica.

Hoy eBay, es el sitio de subastas, compra y venta de artículos (desde un CD de música hasta un avión privado) más famoso de Internet: 40.000 millones de dólares fue la suma de ventas en el sitio a lo largo del 2004, y la cifra va en aumento.

El negocio lo ha vuelto uno de los millonarios top a nivel mundial, y a los dispensers de caramelos de su esposa. Después de todo, el propio Omidyar reconoce no tener perspectiva de negocios y menos de visión tecnológica. Sin embargo, con tantas transacciones diarias, las polémicas y los dolores de cabeza no podían faltar. Un caso que dio que hablar fue el de una madre estadounidense que intentó subastar a su bebé; otro fue el de una joven británica que vendió su sexualidad a 12 mil euros. Meses atrás, el dolor de cabeza fue musical: el productor y músico Bob Geldof boicoteó al sitio por revender entradas para su recital en el Live8.